Você pode alterar temporariamente o IFS (separador de campo interno):
FILES="long filename with spaces
another one"
OLDIFS="$IFS"
IFS=$'\n'
rsync -v $FILES server::address
IFS="$OLDIFS" # restores default behaviour
Por favor, note que $'\n'
é bashismo. Você pode tentar isso para outros shells Posix:
IFS="
"
Para processar vários arquivos, basta separá-los pelo novo IFS (no caso acima, um caractere de nova linha). Em vez do caractere de nova linha, você pode até usar os caracteres que quiser.