Esse tipo de estrutura de diretórios de vários níveis é uma solução comum para acelerar a recuperação de arquivos quando você precisa manipular um grande número de arquivos. Muitos outros aplicativos usam esse tipo de estrutura para manter algum tipo de cache de arquivos (por exemplo, firefox, squid).
Em vez de um único diretório grande com todos os arquivos, o aplicativo cria uma estrutura de subdiretórios e usa alguma regra para escolher em qual diretório colocar cada arquivo. Desta forma, é mais fácil e rápido encontrar o arquivo necessário.
Vamos fazer um exemplo simples: se eu quiser manter um arquivo para cada um dos meus clientes. Vou criar um diretório para cada letra do alfabeto e, em cada um desses diretórios, um diretório para cada letra do alfabeto. Agora posso colocar o arquivo " DimitrisTzortzis .info" no T / D diretório.
A partir deste ponto, começo a fazer alguma suposição com base apenas na minha experiência, porque não conheço os detalhes das implementações de dropbox e tomboy.
Normalmente, gerenciar uma estrutura grande de subdiretórios aninhados é mais fácil do que gerenciar um único diretório grande (pelo menos, em sistemas de arquivos unix). Isso deve ser verdade também para o dropbox, então você não precisa se preocupar com isso. Essa estrutura "estranha" ajudará o Dropbox a acelerar as coisas.
Infelizmente, a estrutura de diretórios do Tomboy parece crescer quando você cria novas notas e não as reduz quando você as exclui. Isso poderia explicar por que sua estrutura é tão grande com tão poucas notas nela.