Dois problemas, shutdown -k, na verdade, não é desligado. Também desligamento apenas cria o arquivo nologin se você especificar um tempo de desligamento que está no futuro (não agora).
Muito direto. O SSH ignora o arquivo nologin criado por shutdown -k TIME ?
Usando o PAM Auth para sincronizar o banco de dados de senhas com os usuários; se isso faz diferença.