A maneira geral de alterar ou adicionar o autoexec está no .dosbox/dosbox-X.XX.conf .
No final do arquivo é a seção ...
[autoexec]
Coloque seus comandos depois da decleration, eles serão executados quando dosbox for iniciado.
Se você precisar criar algo como um "atalho", que não é específico da dosbox config dos usuários. Você pode especificar comandos com -c COMMAND . Você precisa de um para cada comando, mas vários podem ser usados. Você também pode criar um arquivo .conf personalizado e especificar isso com -conf CONF_FILE
Especificamente para o exemplo que você postou, seu [autoexec] ficaria assim.
[autoexec]
@ECHO OFF
CLS
MOUNT F SOFTWARE_FOLDER
F:
SOFTWARE_NAME
EXIT
Também vale a pena mencionar que acredito que dosbox não possui um MODE.COM interno. Se você quiser usar MODE.COM de qualquer maneira, você deve carregar MODE.COM de um binário do FreeDOS copiado. Pode ser mais fácil usar apenas um programa alternativo, que não requer que seja carregado primeiro.
Em geral, também gosto dos dois dosbox e dosemu . Eu uso dosbox para qualquer coisa que seja gráfica, já que parece ter suporte de vídeo sem complicações. Eu uso dosemu , quando as coisas devem ser executadas sem X , ou quando elas devem ter acesso direto ao hardware.