Opção 1:
Baixe qualquer imagem ISO do Live CD, Knoppix, Ubuntu, Arch, o que for. O Knoppix é provavelmente uma opção fácil.
Em seguida, edite as configurações da VM para "inserir" o CD virtual na unidade de CD virtual e inicie a VM. Deve inicializar a partir do CD. Caso contrário, observe as configurações da VM novamente para descobrir o motivo.
Após o boot do LiveCD, você deve ser capaz de montar os discos VM existentes (ou eles podem ter sido montados automaticamente) e procurar todos os arquivos no sistema. Você pode transferi-los para uma unidade USB ou uma unidade de rede. .
Opção 2:
Mova os arquivos do disco virtual para um lado para mantê-lo seguro e reconfigure sua VM para usar um novo disco rígido vazio. Reinstale seu sistema operacional de limpo.
Quando o novo sistema operacional estiver funcionando, desligue-o e adicione novamente o disco virtual antigo como um segundo disco virtual. Inicialize a VM e você poderá montar as partições do disco antigo no novo sistema operacional (se elas não forem montadas automaticamente de qualquer maneira).
Depois, você pode copiar os arquivos que deseja para o novo disco. Quando estiver pronto, o disco antigo pode ser removido da configuração e excluído do sistema host.
Finalmente
Em ambas as opções, se os seus arquivos foram criptografados, você precisará passar por mais algumas pausas, mas, desde que não tenha excluído os arquivos de chaves de criptografia, é possível, mas esse é um tópico diferente.
Agora faça backup dos seus arquivos. Você deve sempre presumir que qualquer uma de suas máquinas, virtual ou real, pode se arrebentar a qualquer momento, e isso será muito menos estressante se você puder simplesmente pegar outro, ou reinstalar de novo, e não perder nada. Dropbox / Google Drive / Ubuntu One / iCloud são seus amigos.