Depois de instalar o Windows, você precisará inicializar algum disco de recuperação do Linux se desejar reinstalar o + configure o grub para inicializar.
Caso contrário, você pode procurar no EasyBCD que edita o sistema de inicialização do Windows para permitir que você inicialize o Linux a partir do gerenciador de inicialização do Windows.
No que diz respeito à virtualização, existem várias opções (dependendo da CPU da máquina e da sua seriedade) Você poderia olhar para VMWare, VirtualBox, Xen ou KVM, que podem executar o Windows no Linux. Os últimos 2 exigem suporte à extensão de CPU VT-x / AMD-V para VMs do Windows, e todos os 4 funcionarão melhor se a CPU tiver as extensões de virtualização.
A única perda real sob uma máquina virtual no desempenho gráfico, porque nenhuma é capaz de emular adequadamente uma placa gráfica em tempo real (embora o Xen tenha feito algum progresso no repasse da GPU).
Então, isso depende ...:)