Se, por "terceiro nível", você quer dizer usar por exemplo. o layout de teclado da American Internation, você pode configurar seu sistema para usá-lo por padrão.
No Debian (e sair possivelmente irmãos; (X | K) Ubuntu, Mint e assim por diante), você pode colocar o seguinte em /etc/default/keyboard
:
XKBMODEL="pc105" #physical keyboard model
XKBLAYOUT="us" # keyboard layout
XKBVARIANT="altgr-intl" # keyboard layout variant
XKBOPTIONS="terminate:ctrl_alt_bksp,numpad:microsoft" # terminate X on
# CTRL+ALT+DEL, and use Microsoft style numpad
Provavelmente há muitos outros lugares para a configuração do teclado em outros tipos de Linux - no Gentoo / Funtoo está em /etc/conf.d/keymaps
Com relação à troca das chaves CMD e CTRL, acho que já foi respondida aqui: Mapeie a tecla" windows "no teclado para" ctrl ".
Mantendo-se em linha com a configuração acima, basta adicionar altwin:ctrl_win
à linha XKBOPTIONS, desta forma:
XKBOPTIONS="terminate:ctrl_alt_bksp,numpad:microsoft,altwin:ctrl_win"