Eu tive o mesmo problema e infelizmente não consegui resolvê-lo, mas perdi todas as minhas anotações. A razão para isso foi, no entanto, que eu abri diretamente o arquivo pdf do Thunderbird Mail Client, onde foi anexado a um EMail. Salvar cópias apenas salvou o pdf original sem anotações.
Depois de salvar o pdf anexado primeiro e depois abri-lo via gerenciador de arquivos, consegui salvar cópias com suas anotações.