Muitos pacotes (e suas dependências) que você pode querer / precisar não estão disponíveis na distro padrão.
Você poderia, é claro, baixá-los, compilar a partir da fonte, combinando todas as dependências. Ou você pode adicionar o repositório e deixar o gerente de pacotes se preocupar em resolver isso, acho que essa é a grande vantagem.
Um bom exemplo de repo que geralmente acabo adicionando em meus sistemas é o repo epel. Eu acho que seu nome explica o que é Extra Packages for Enterprise Linux
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