Verifique sua pasta ~/.muttrc , talvez esteja configurando
set delete = no
ou pode ser específico para o formato maildir
set maildir_trash = yes
essas configurações evitam a eliminação.
Se você quiser excluir mensagens excluídas na sincronização ou quit mutt use
set delete = yes
(ou ask-yes , então mutt perguntará se você realmente deseja remover as mensagens selecionadas) e
set maildir_trash = no
(ou set nomaildir_trash ).