A primeira coisa que eu recomendo que as pessoas façam quando o computador começa a congelar aleatoriamente é verificar a integridade do disco rígido. Provavelmente, a maneira mais fácil de fazer isso no Ubuntu (ou em outro ambiente Linux) é através do GSmartControl , que Eu pessoalmente uso como técnico para verificar a saúde do disco rígido através do Parted Magic. Se não é o seu disco rígido, ainda pode ser algum tipo de problema de hardware (tive sistemas agindo dessa forma devido a placas gráficas), ou pode ser algo que você configurou / instalou recentemente e está interferindo em um processo do sistema.