Você não precisa mexer nos scripts de inicialização. No Debian, você pode simplesmente adicionar uma linha em /etc/init.d/rc.local
que chama o programa; Em seguida, ele será executado após todos os scripts de inicialização.
Se você chamar o programa em /etc/init.d/boot.local
, ele será executado apenas na inicialização, não ao alternar os níveis de execução.