No caso de uploads de arquivos HTTP (nginx + php5-fpm), max_execution_time (em /etc/php5/fpm/php.ini ) ou request_terminate_timeout (em /etc/php5/fpm/pool.d/www.conf ) também inclui o tempo que o arquivo demorou para carregar?
max_execution_time
/etc/php5/fpm/php.ini
request_terminate_timeout
/etc/php5/fpm/pool.d/www.conf
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