Usuários normais não podem fazer muito mal no linux.
Mas você deve verificar se a memória e o número de limites do processo estão em vigor. ulimit -a
mostrará as configurações atuais.
Outra coisa é o acesso ao banco de dados do seu aplicativo java. Esse app. deve usar diferentes usuários de acesso para diferentes funções de acesso.
Não use SysDba ou contas com privilégios comparáveis em seu aplicativo.
Não vejo necessidade de sudo / root neste caso.