Você conhece algum firewall de rede no caminho? Geralmente, esse é o problema quando uma conexão fica inativa por muito tempo - o equipamento de rede pode encerrar a conexão.
Não consigo encontrar documentação decente na internet sobre o xfreerdp. O envio de testes de keep-alive ou a reconexão automática geralmente resolve esse problema, mas parece que o xfreerdp suporta nenhum .
Você já pensou em trocar para remmina ?