Estou rodando Okular 0.20.2 no Ubuntu 12.04, fiz algumas anotações em um arquivo PDF e quando tento salvar uma cópia dele com Save as (para preservar as anotações), recebo a mensagem:
Your annotations will not be exported.
You can export the annotated document using File -> Export As -> Document Archive
Não sei por que isso acontece, pois o Okular deve ser capaz de salvar anotações desde a versão 0.15 .
Essa mesma página diz algo sobre como Okular deveria ter sido criado usando Poppler versão 0.20 ou posterior, mas não sei como verificar isso.