Um arquivo .deb obviamente pode instalar arquivos em /etc e /usr , caso contrário seu sistema Debian 7 não pode ser instalado em primeiro lugar usando tais arquivos, então esse é o caminho a ser seguido.
Seus problemas parecem vir das ferramentas que você está usando na tentativa de realizar a tarefa, ou você os usa de forma errada, ou o seu "fácil de usar" oculta os recursos dos pacotes baseados em .deb que você precisa realizar sua tarefa.
Um arquivo .deb é apenas um arquivo ar que contém três arquivos : uma versão arquivo numérico e dois tar archives (geralmente compactados). É fácil descompactar com alguns comandos ( ar x ... resp. tar xvf .. ) e montar novamente (
tar cvzf ... resp. %código%). Por favor, note que o 'arquivo debian_version deve ser o primeiro a ser movido para o arquivo.
Quando eu tenho que fazer pacotes ar mc .... eu começo de um pacote existente que já faz parte do que eu preciso e adiciono / mudo as coisas conforme necessário.
Mais informações detalhadas estão disponíveis se você precisar entender como os instaladores executar os vários scripts especiais que podem estar nos pacotes, bem como adicionar dependências.