Na seção xkb_symbols do seu layout personalizado, adicione o seguinte:
key <your key> {
repeat= no,
type= "ONE_LEVEL",
symbols[Group1]= [ Hyper_L ],
actions[group1]=[ SetMods(modifiers=Shift+Control) ]
};
Você pode substituir <your key> por <LWIN> ou o que você quiser.
Para a escolha do símbolo Hyper_L , é o mais conveniente que eu encontrei. Confunde menos softwares que NoSymbol ou Control_L ou algo assim.