Se você estiver bem usando o xrandr, você pode editar o arquivo /etc/gdm3/Init/Display e colocar algo como
xrandr --auto --output DVI-0 --mode 1440x900 --right-of DVI-1
(ou o que você encontrou funcionou para você como usuário)
Eu uso dois monitores com o Debian Jessie e o Gnome 3. Tudo funciona bem, mas há um bug cosmético. No entanto um pouco chato. Eu não consigo descobrir como trocar as telas na tela de login do Gnome. Eu tenho o lado esquerdo à direita e o direito à esquerda. Estou pesquisando o dia todo, mas nada foi encontrado ...
Se você estiver bem usando o xrandr, você pode editar o arquivo /etc/gdm3/Init/Display e colocar algo como
xrandr --auto --output DVI-0 --mode 1440x900 --right-of DVI-1
(ou o que você encontrou funcionou para você como usuário)
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