Você pode ocultar o ícone do programa em execução do Iniciador usando o Gerenciador de configurações do CompizConfig.
Para instalá-lo, execute:
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager
Para iniciar a execução:
ccsm
Em seguida, vá para a seção Gerenciamento do Windows, ative as Regras do Windows. Em seguida, escolha-o e adicione esta linha em "Skip Taskbar":
title=nameofwindow
Substitua nameofwindow pelo título da janela que você deseja ocultar.