Já experimentou esta resposta postada por Bruno Pereira? Posso colocar uma lista negra em um appindicator?
Para não carregar um applet, evite que ele seja executado.
Se o indicador estiver codificado no aplicativo e o aplicativo não der a você a opção de remover o indicador do painel que você não conseguirá omiti-lo, não será possível omitir um indicador de aplicativo incorporado ao código e não tem nenhuma opção para desativá-lo, para isso você precisa de mudanças no código fonte feitas por você ou você pode sugeri-las ao desenvolvedor do aplicativo, que é o último caso que dependerá de quais aplicativos você está se referindo.
Não há diretrizes específicas explicando se a aplicação deve ou não ter um applet indutor, apenas o que um applet indicador deve fazer.
Você ainda pode remover os applets do sistema feitos pelo gnome para o seu sistema ou se o próprio aplicativo usar um applet externo para ser usado como um indicador.
Para remover um dos indicadores do gnome / unity visíveis por padrão, abra o terminal e execute este comando para mostrar todos os aplicativos que podem ser carregados na inicialização
cd /etc/xdg/autostart/ && ls
Identifique o applet que você deseja impedir de carregar e edite-o com seu editor de texto favorito, por exemplo:
sudo nano nm-applet.desktop
Localize a linha com estes conteúdos
NoDisplay=true
e mude para
NoDisplay=false
Salve e feche o terminal.
Clique no cog weel no canto superior direito da tela ao lado do seu nome de usuário e selecione Startup Applications...
, agora você verá o aplicativo que acabou de editar o arquivo .desktop e poderá desativá-lo.
O applet não carrega na próxima inicialização
Após habilitar ou desabilitar e applet seguindo os passos acima, você verá que cada .desktop que você modifica criará seu próprio arquivo .desktop em seu ~/.config/autostart folder
.
Se um indicador de miniaplicativo que você deseja desabilitar não aparecer na sua lista de inicialização você precisa usar o método acima, senão haverá um arquivo .desktop dentro de ~/.config/autostart
que pode ser editado com o método descrito e então possível ativar / desativar nos aplicativos de inicialização.