O vmware-tools precisa dos cabeçalhos completos do kernel.
provavelmente que faz headers_install não está exportando tudo o que o vmware precisa. tente copiar a fonte real do kernel e teste. se funcionar, remova todos os arquivos, exceto o .h
find /tmp/headers-full -not -name \*.h -delete
e teste novamente. se funcionar, compare as duas árvores de cabeçalho para ver o que está faltando