Eu usaria awk
:
$ awk 'NR>1{$1=$1"_i1"}1;' test.txt
A1A A1B A1C A1D A1E
TR6764_c0_g2_i1 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
TR25644_c0_g1_i1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
TR4897_c0_g1_i1 58.50 177.26 130.35 8.52 102.66
TR900_c0_g2_i1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
Ou, se você precisar manter o espaço em branco inalterado, perl:
$ perl -pe 's/\s/_i1$&/ if $.>1' test.txt
A1A A1B A1C A1D A1E
TR6764_c0_g2_i1 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
TR25644_c0_g1_i1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
TR4897_c0_g1_i1 58.50 177.26 130.35 8.52 102.66
TR900_c0_g2_i1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00