Eu também tentei resolver isso no ambiente de desktop do Ubuntu 12.04. Minha solução é assim:
#!/bin/bash
google-chrome --user-data-dir=/home/loafer/.userscripts/chrome-bg-profile --kiosk http://localhost/bg &
sleep 2
wmctrl -r "localhost/bg/ - Google Chrome" -b add,below
Eu criei um arquivo de script com o conteúdo acima para ser executado na inicialização. O primeiro comando executa o google chrome no modo quiosque (janela sem borda sem elementos de controle em tela cheia) com um diretório de dados do usuário separado. Você precisa definir um diretório de dados, ou o Chrome não permitirá que você inicie instâncias que não sejam de quiosque posteriormente. Eu apontei a instância do quiosque para o meu servidor local, deixei o script dormir por 2 segundos (o tempo que leva para o Chrome começar) e depois eu forcei o Chrome a ficar sempre abaixo de todas as outras janelas com o wmctrl. Altere localhost/bg/ - Google Chrome
para qualquer título da janela que sua janela de quiosque tenha. Você pode obter o wmctrl do repositório oficial do ubuntu com sudo apt-get install wmctrl
.
Espero que isso funcione para você.