O Wine funciona até mesmo para aplicativos Windows CLI.
Eu tenho um programa executável (sem código-fonte, apenas o executável compilado) que foi feito no windows (extensão .exe). Não usa gráficos ... simplesmente lê e grava arquivos. Eu quero ser capaz de executá-lo em um script de shell do Linux para que eu não precise alternar sistemas operacionais para obter minha saída. Existe uma maneira de usar ou converter o executável para sistemas operacionais Linux?
Você não pode executar binários do Windows (fonte compilada para ser executada no Windows) no Linux sem passar por algum tipo de emulador do Windows.
Então, se você não quer rodar o Windows em uma máquina virtual, ou não quer rodar o Wine ou algo parecido, desculpe, mas ele não roda no Linux.
Além de vinho , como já sugerido, uma máquina virtual como o VMware-Player é boa para executar programas do Windows, sem reinicializar.
Os arquivos Jar e alguns aplicativos mono não precisarão do Wine ou de um Windows em execução em uma VM, mas não chamaríamos esse executável do Windows.
Um executável do windows, que é executado no shell, na maioria das vezes ainda é um executável do Windows e não será executado no DOS. Não deixe a interface do usuário te enganar! Eles informarão "Este programa não será executado no modo DOS" ou similar.