O fato de uma máquina rodar a Red Hat e a outra Debian não lhe causará nenhum problema. Para a maioria das intenções e propósitos, as diferenças entre distribuições são insignificantes.
Realisticamente, você tem duas opções para a sua transferência de dados:
- Usando um disco removível, conectado usando USB ou eSATA ou similar.
- Usando a rede. Uma vez que ambas as máquinas possam se conectar umas às outras pela rede, você pode usar qualquer uma das várias ferramentas para fazer a transferência de arquivos. Você mencionou que não pode usar o BitTorrent Sync, mas algo como
rsync
pode ser uma opção ou, na sua falta,sftp
ouscp
.