Seu sistema está iniciando bluetoothd na inicialização? Se sim, você deve verificar sua configuração: pode estar substituindo as configurações que você faz com hciconfig quando ele é inicializado.
Por exemplo, a seção [Policy] do meu /etc/bluetooth/main.conf tem uma configuração AutoEnable , cujo padrão é false . Se você definir como true , todas as interfaces Bluetooth serão ativadas automaticamente por bluetoothd .
Se você quer um controle mais refinado do que isso, você pode ter que usar bluetoothctl ou algum outro comando (depende da sua versão BlueZ).