com perl :
$ perl -F, -i.bak -ane 'print if @F > 3' file
com perl > 5.20, você pode usar -F sem -a e -n ( -F implica -a e -a implica -n ).
Ou você pode usar sed :
$ sed -i.bak -e '/\([^,]*,\)\{3,\}/!d' file