Em bash para todos os arquivos na pasta.
for name in *; do mv "$name" "${name// /_}"; done
O ${name/pattern/replace} substitui pattern a replace ( Parâmetro Bash Expansão . Se o padrão começar com / (aqui o padrão é / + Space ), ele substituirá todas as ocorrências. Em seguida, mv renomeia o arquivo de name para o novo nome com espaços substituídos.