O problema não é tr , o problema reside em como você está produzindo a expansão da variável:
echo $PAGE_LINKS
Cite a expansão da variável:
echo "$PAGE_LINKS"
caso contrário, a expansão passará pela divisão de palavras de acordo com o valor de IFS (espaço, tabulação, nova linha por padrão) e expansão do nome do caminho ( * , ? , [] ).
No seu caso, a divisão de palavras está acontecendo, e cada elemento separado de nova linha está sendo tomado individualmente, e sendo mostrado como entidades separadas por espaço, finalmente. O uso de citações impedirá a divisão de palavras (e a expansão do nome do caminho), de modo que toda a expansão será tomada como uma entidade única.