Pode ser uma pergunta boba, mas você já tentou editar a entrada da área de trabalho para corresponder manualmente ao caminho do ícone correto ou usar um editor de menu como menulibre ?
Eu tenho duas instalações do Eclipse e, para cada uma delas, um arquivo da área de trabalho, veja abaixo.
Para os ícones, estou usando eclipse
em ambos os casos com um tema de ícone numix ativado.
Se eu pesquisar e iniciar os aplicativos por meio de Atividades, os ícones estarão corretos.
Mas não na barra de tarefas no lado esquerdo após o início
Como posso alterar esse comportamento, também quero os ícones Numix no lado esquerdo.
Mais alguns detalhes
find /usr/share/icons/Numix-Circle -iname "*eclipse*"
/usr/share/icons/Numix-Circle/48x48/apps/redeclipse.svg
/usr/share/icons/Numix-Circle/48x48/apps/eclipse.svg
cat ~/.local/share/applications/opt_eclipse_cpp.desktop
[Desktop Entry]
Encoding=UTF-8
Version=1.0
Type=Application
Name=Eclipse C++
Comment=Eclipse Integrated Development Environment
Icon=eclipse
Exec=/opt/eclipse-cpp/eclipse/eclipse
StartupNotify=true
StartupWMClass=Eclipse-CPP
cat ~/.local/share/applications/opt_eclipse.desktop
[Desktop Entry]
Encoding=UTF-8
Version=1.0
Type=Application
Name=Eclipse JEE
Comment=Eclipse Integrated Development Environment
Icon=eclipse
Exec=/opt/eclipse-jee/eclipse/eclipse
StartupNotify=true
StartupWMClass=Eclipse-Java