Provavelmente algo assim
find A -type f -maxdepth 1 -exec cp {} B/ \;
e
find A -type d -maxdepth 1 -mindepth 1 -exec cp -r {} C/ \;
Em que -type
é um sinalizador, determinando o tipo que você está procurando (arquivo ou diretório), - maxdepth
em que profundidade o diretório e -exec
para executar um comando no resultado.