De acordo com a documentação de ajuda do vim (seção 04.2 Alterando o texto), não há diferença:
S stands for cc (change a whole line)
Existe uma diferença entre os comandos do modo normal do vim S e cc ?
Nos meus casos de uso, ambos os comandos parecem excluir a linha atual e passar para o modo de inserção.
Um é sinônimo do outro. Veja :help S :
*S*
["x]S Delete [count] lines [into register x] and start insert. Synonym for "cc" |linewise|.
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