Eu não sei de onde você tirou a ideia de que fazer um make clean antes de um make install era algo que você deveria estar fazendo.
O arquivo canonical INSTALL para autotools soletra o processo:
-
./configure -
make -
make check(opcional) -
make install -
make installcheck(opcional)
No item 6, diz:
You can remove the program binaries and object files from the source code directory by typing
make clean.
(ênfase minha)
make clean é algo que você faz antes de recompilar, para garantir uma compilação limpa e não ter subprodutos que sobraram de execuções anteriores. Você pode fazer isso após a make install se quiser liberar algum espaço, mas manter a fonte e a configuração por perto. Você deve não fazê-lo antes de instalar.