Não, um arquivo PDF não é um binário ou script executável e nunca deve ser executável.
Assumindo que os documentos vivem em um sistema de arquivos Unix, você pode remover os bits executáveis usando
chmod a-x *.pdf
Se alguns de seus sistemas de arquivos forem sistemas de arquivos não-Unix, as permissões em seus arquivos podem ser confusas desta forma, independentemente de como você copia os arquivos entre eles. Nos sistemas de arquivos Unix, costumo usar rsync -a
(ou rsync --archive)
para copiar arquivos entre hosts ou diretórios locais para preservar permissões e registros de data e hora.