Sei que meu comentário não é uma resposta direta, mas ... Eu recomendaria reorganizar sua metodologia de backup das seguintes formas (ou / ou):
- Ter um repositório "maior" único com todos os subprojetos dentro dele: um repositório para / home, quero dizer. Isso pode parecer louco à primeira vista, mas depende da complexidade de seus sub-projetos (subdiretórios) e pode funcionar para algo simples e que não é desenvolvido ativamente.
- Descarte sua ideia e mantenha o backup completo com uma solução de backup especial (o rsync é apenas um deles e não a panacéia). Isso faz sentido porque "por que você precisa fazer backup de todo o material relacionado ao git?". É melhor olhar para isto como em um nível mais alto de sua arquitetura que precisa ser mantido de outra forma que o git (git é algo interno). Aqui eu quero dizer que se o seu principal motivo de " no entanto seria bom ter git rastrear as mudanças ao longo do tempo " é a capacidade de retroceder as mudanças para algum ponto exato, então Git é uma sobrecarga e não uma solução que você precisa. Backups diferenciais / incrementais + completos com software especial (onde você pode excluir todas as pastas ".git", btw) é uma maneira apropriada.