Em primeiro lugar, todos esses erros estão acontecendo porque clamscan está varrendo / e para a varredura / você precisa executá-lo como raiz (ou seja, sudo clamscan -r --bell -i / ), senão ele falhará porque não tem permissão para ler muitos arquivos.
Quando terminar, atualize sua pergunta com o caminho e o nome dos arquivos infectados e atualizarei minha resposta com o que você pode fazer com eles.