Isso não é possível, a partir do htop 0.8.3.
Fonte: o código fonte.
O melhor que você pode fazer é classificar os processos por usuário, os processos do root serão convenientemente agrupados.
Estou ciente da opção -u no htop, onde posso mostrar apenas processos de um determinado usuário, como:
htop -u root
Eu estou querendo saber se existe uma maneira de mostrar processos de todos os usuários, exceto o root.
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