Não há razões puramente técnicas. Isso pode criar alguma confusão nos casos em que a variável de ambiente USER é consultada enquanto $HOME , getpwuid(getuid()) ou algo semelhante deveria ter sido usado.
A propósito, você pode até ter vários nomes de usuário atribuídos ao mesmo UID - localmente isso é conseguido multiplicando as linhas apropriadas em /etc/passwd , /etc/shadow e atualizando /etc/group de acordo. A propriedade dos arquivos não muda (geralmente o primeiro encontrado em /etc/passwd para o UID correspondente é exibido) e você pode usar qualquer um dos nomes de usuário que você decidir.