Primeiro, o Wubi (que você provavelmente quer dizer ao instalar o Ubuntu "como uma aplicação Windows") não instala o Linux como uma aplicação; em vez disso, instala o Linux em uma imagem de disco que vive dentro da partição do Windows.
Você poderia ir com uma máquina virtual com uma distro leve (como o Xubuntu), que deve fornecer um bom desempenho em qualquer máquina recente.