O Rsync é sua ferramenta:
rsync --archive source/ dest/
O arquivamento é apenas uma opção composta que consiste em:
--recursive # recurse into directories
--links # copy symlinks as symlinks
--perms # preserve permissions
--times # preserve times
--group # preserve group
--owner # preserve owner
--devices # preserve device files
--specials # preserve special files
Se você não tiver o rsync em seu sistema, deverá obtê-lo. Você provavelmente poderia criar outra solução usando outras ferramentas, mas se você estiver procurando por um programa que faça isso bem (a menos que eu entenda mal sua pergunta), o que você está procurando é o rsync.