Dado o seu shell desde "substituição de processo" (gosta recente bash
es), tente
diff <(tr '-' ' ' <file1) <(tr '-' ' '<file2)
1,2c1,2
< 21 0.0081318 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0138079
< 22 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.1156119 0.0000000
---
> 21 0.0081318 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0032533
> 22 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0250637 0.0000000