cd
para esse diretório e use este comando para marcar apenas os arquivos:
find . -type f -exec touch {} \;
ou este comando para marcar até mesmo os diretórios:
find . -exec touch {} \;
Após a execução, os arquivos (e pastas, se você escolher o segundo comando) serão marcados que eles foram apenas alterados, e seu conteúdo não será alterado.
A vantagem deste comando é que ele será recursivo, até mesmo os subdiretórios e os arquivos sob esses subdiretórios serão marcados como alterados.