What could be causing this problem?
Você verificou se o site real sempre retorna documentos com uma extensão? Não há protocolo que exija isso e é completamente normal não usá-los; o tipo de documento é determinado pelos cabeçalhos http e não por qualquer sufixo no endereço. Claro, o seu navegador de arquivos faz usar extensões de arquivo para identificar documentos, então isso pode ser um aborrecimento.
Por exemplo, esta página é literalmente http://unix.stackexchange.com/questions/124741/wget-corrupted-directories
e, se você buscar com wget
, produzirá um arquivo wget-corrupted-directories
sem extensão, que contém dados html.