/usr/etc geralmente não é usado na maioria dos sistemas. Espera-se que as configurações para programas de gerenciadores de pacotes e assim por diante cheguem a /etc , enquanto as configurações para programas personalizados (compilados manualmente) devem ir para /usr/local/etc .
A única vez em que você precisa de /usr/etc é quando você compila manualmente um programa com --prefix=/usr , nesse caso ele instalará seus arquivos de configuração em /usr/etc . Se você nunca instalou nada sob essa condição, esse diretório nunca existiu.
Se ele existisse, seu comando não o teria sobrescrito: em vez disso, ele teria enviado ~/.nzbget . Você teria, portanto, /usr/etc/.nzbget . Se .nzbget for um diretório, então seu comando cp deve ter falhado com ...
cp: ommiting directory '~/.nzbget'.
... já que não é possível copiar diretórios a menos que você use o comutador recursivo ( -R ). Aqui, novamente, ele teria copiado este diretório dentro /usr/etc , não o sobrescrito. Sob nenhuma circunstância um arquivo poderia substituir um diretório, uma vez que isso provavelmente corromperia o sistema de arquivos com nós fictícios (os arquivos que estavam nesse diretório teriam caminhos quebrados). O kernel em si não permite isso.
Se você tiver agora um arquivo /usr/etc , você acabou de criá-lo (com o conteúdo de ~/.nzbget ). Sinta-se à vontade para removê-lo (isso exigirá privilégios de root se você copiou o arquivo usando-os);)