dará a você tudo listado em seu grupo (a seção
\( \)
). Seu grupo inclui os espaços, então o zero será colocado, então o "2" será adicionado.
Para corrigir, mude para
sed -e 's/ \([0-9]\) / 0 /'
Exemplo
antes
$ cat sample.txt | sed -e 's/\( [0-9] \)/0/'
Sep0 2 03:03:25 XX:XX:XX:XX:XX:XX
depois
$ cat sample.txt | sed -e 's/ \([0-9]\) / 0 /'
Sep 02 03:03:25 XX:XX:XX:XX:XX:XX