Com o GNU sed :
sed 's/>\([^|]*\)|/>_\U__/'
O mesmo com perl :
perl -pe's/>(.*?)\|/>$1_\U$1__/'
Eu tenho um arquivo de múltiplas seqüências como
>abc|d017961
sequence1......
>cdf|rhtdm9
sequence2......
>ijm|smthr12
sequence3......
>abc|d011wejr
sequence4......
>stg|eethwe77
sequence5......
Eu quero editar o arquivo e quero o arquivo de resultado como
>abc_ABC__d017961
sequence1......
>cdf_CDF__rhtdm9
sequence2......
>ijm_IJM__smthr12
sequence3......
>abc_ABC__d011wejr
sequence4......
>stg_STG__eethwe77
sequence5......
Com o GNU sed :
sed 's/>\([^|]*\)|/>_\U__/'
O mesmo com perl :
perl -pe's/>(.*?)\|/>$1_\U$1__/'