Remover um arquivo ou diretório é uma operação atômica que requer uma chamada de sistema, portanto, se o comando rm trava, é porque o kernel está emperrado. Em um sistema de arquivos NFS, isso pode ser (e geralmente é) devido ao servidor não responder. Em um sistema de arquivos local, isso pode ser (e geralmente é) devido a uma falha de hardware. Seu disco provavelmente está falhando; os logs do kernel confirmariam isso.