Você pode especificar vários nomes de pacotes como argumentos para apt-mark manual
:
sudo apt-mark manual package1 package2 package3
Isso marcará todos os pacotes como instalados manualmente.
Assim
sudo apt-mark manual $(sudo apt-get -s autoremove 2>/dev/null | awk '/^Remv / { print $2 }')
marcará todos os pacotes que são removíveis automaticamente como instalados manualmente.