O Manjaro inclui um pacote kernel-alive que fornece um serviço systemd chamado linux-module-cleanup que deve ser limpo acima de módulos antigos do kernel, mas aparentemente tem um bug que faz com que ele limpe todo o diretório /usr/lib/modules ...
A solução é apenas desabilitar o serviço com systemctl disable linux-module-cleanup.service , ou você pode provavelmente apenas remover o pacote kernel-alive .
O crédito vai para jonathon nos fóruns do Manjaro por sugerir isso